Markus Eggenhofer na arenie międzynarodowej debiutował w 2005 roku podczas zawodów FIS Cup w Predazzo, gdzie zajął 67 i 20 miejsca. Dwa miesiące później w St.Moritz był już w pierwszej dziesiątce. W lutym 2006 roku dostał szanse występów w Pucharze Kontynentalnym jednak punktów nie zdobył. Wrócił do występów w FIS Cup i tam zaczął odnosić znaczące sukcesy m.in.: 2 i 4 miejsca w Einsiedeln oraz 3 i 5 miejsca w Chaux-Neuve. 18 marca 2007 roku w Zakopanem zaliczył swój najlepszy wyniki - 12 miejsce w konkursie CoC. Wygrał także dwa pierwsze konkursy letniej edycji FIS Cup 2007 w rodzimym Bischofshofen i został liderem klasyfikacji. Tak zostało już do końca i wygrał 3 edycję tego cyklu. W PŚ debiutował w Kuusamo w 2008 roku i od razu zdobył punkty. Jego najlepszy start to 8. miejsce w Engelbergu. Zakończył karierę.