Głównym powodem powstania idei rozgrywania Pucharu Kontynentalnego na początku lat 90. XX wieku była rosnąca liczba zawodników chcących startować w Pucharze Świata. Przez pierwsze sezony zawody rozgrywane były pod nazwą Puchar Europy, ponieważ do rywalizacji dopuszczeni byli tylko zawodnicy z krajów europejskich. W sezonie 1993/1994 pojawili się zawodnicy z Azji i Ameryki Północnej; z czasem na tamtejszych skoczniach także zaczęto rozgrywać zawody.

Duże zmiany w przepisach dotyczących Pucharu Kontynentalnego miały miejsce w latach 2002-2003. Podzielono wtedy rywalizację na dwie odrębne części - letnią i zimową; zrezygnowano z przeprowadzania kwalifikacji; ograniczono liczbę skoczków startujących w drugiej serii do trzydziestu; wprowadzono Kontynentalną Listę Rankingową i uregulowano sprawę kwot startowych; zrezygnowano z podziału na strefy środkowoeuropejską, skandynawską i amerykańsko-azjatycką (wcześniej w każdej z tych stref mogły być rozgrywane konkursy w jednym terminie).

Bardzo często w kalendarzu Pucharu Kontynentalnego pojawiają się polskie skocznie - w przeszłości była to zakopiańska Średnia Krokiew; obecnie konkursy rozgrywane są na Wielkiej Krokwi oraz w Wiśle-Malince.

Nazwisk polskich skoczków nie znajdziemy na liście zwycięzców zimowego CoC, za to mamy wielu triumfatorów letniej edycji imprezy: Robert Mateja (2004), Marcin Bachleda (2005), Kamil Stoch (2010), Aleksander Zniszczoł (2011), Jakub Wolny (2014) oraz Klemens Murańka (2017 i 2019) oraz Kacper Tomasiak (2025).