Stephan Embacher debiutował w Alpen Cup latem 2021 roku w Libercu. W FIS Cup pojawił się w lutym 2022 roku w Villach. W 2023 roku wystąpił w Europejskim Festiwalu Młodzieży EYOF, gdzie zdobył złoto indywidualnie, jak i w drużynie. Tydzień później na MŚJ w Whistler uplasował się na 6. miejscu, a z drużyną zdobył złoto. Wygrał też cykl Alpen Cup 2023. W grudniu 2023 wygrał konkurs CoC w Engelbergu i dostał szansę występu na Turnieju Czterech Skoczni w Innsbrucku z kwoty narodowej. Wykorzystał to zajmując w debiucie 13. miejsce. W 2024 roku zdobył złoty medal na MŚJ w Planicy indywidualnie i dwa w drużynie. Rok później w Lake Placid obronił tytuł indywidualny i ponownie zdobył złoto z drużyną mając aż 6 złotych medali na tej imprezie! Dorzucił brązowy medal w mikstach. W sezonie 2025/26 zajął 3. miejsce w klasyfikacji końcowej Turnieju Czterech Skoczni. Na ZIO w Mediolanie zdobył złoty medal w zawodach Super Teams. W Lillehammer 2026 na MŚJ wygrał trzeci raz indywidualne złoto z rzędu przechodząc do historii. W Vikersund odniósł swój pierwszy triumf w PŚ.