Słoweński Związek Narciarski postanowił po tym sezonie zakończyć współpracę z fińskim szkoleniowcem Ari-Pekką Nikolą. Już podczas zawodów w Planicy Franci Petek, dyrektor do spraw dyscyplin klasycznych zapowiadał zmianę w składzie trenerskim. Jak sam przyznał, życzyłby sobie powrotu Matjaza Zupana do rodzimej kadry. Marzenie Petka się spełniło.
Zupan słoweńską kadrę obejmuje po raz drugi. Po aktywnej karierze sportowca (wraz z Primozem Ulagą, Matjazem Debelakiem i Miranem Tepesem zdobył m. in. srebrny medal w konkursie drużynowym na Zimowych Igrzyskach Olimpijskich w 1988 roku w Calgary), zajął się trenowaniem innych. Skończył wychowanie fizyczne i w 1996 roku został zatrudniony jako asystent trenera kadry słoweńskiej. Trzy lata później objął już stanowisko głównego trenera, które piastował przez następne siedem lat.

Do największych osiągnięć jako trenera rodzimej ekipy należy zaliczyć brązowy medal w rywalizacji drużynowej podczas Zimowych Igrzysk Olimpijskich w Salt Lake City w 2002 roku, trzecie miejsce Petera Zonty w klasyfikacji generalnej Turnieju Czterech Skoczni w 2003 roku, a także dwa medale - złoty Roka Benkovica i ponownie brąz w konkursie drużynowym na MŚ w Oberstdorfie w 2005 roku. Po sezonie 2005/2006 Słoweński Związek Narciarski zakończył współpracę z Zupanem. Wtedy szkoleniowiec przeniósł się do Czech, gdzie objął kadrę B.