Michael Möllinger to zawodnik, który bardzo dobrze zaprezentował się w sezonie 2002/03 w Pucharze Kontynentalnym, gdzie zaliczył 2 zwycięstwa. Od trenera Reinharda Hessa dwukrotnie dostał szanse pokazania się w Pucharze Świata, punkty udało mu się jednak zdobyć dopiero na koniec sezonu 2002/03 w Planicy.
Po sezonie zimowym w dość dziwnych okolicznościach (wraz z Frankiem Loefflerem) został wyrzucony z kadry niemieckiej z przyczyn dyscyplinarnych. Jako, że swoje korzenie ma także w Szwajcarii, w 2004 roku zmienił barwy i został reprezentantem tego kraju (dzięki podwójnemu obywatelstwu). Szybko dołączył do pierwszej reprezentacji (czego nie mógł dokonać jako Niemiec) i u boku Ammanna i Kuettela tworzył silny trzon drużyny. Niestety, aby uzyskiwać dobre rezultaty w drużynie Szwajcarom trzeba było czwartego dobrego zawodnika, którego jednak nie posiadali. Michael musiał zatem liczyć na sukcesy indywidualne. Sezon 2004/05 udanie rozpoczął od 10 i 12 miejsca na PŚ w Kuusamo, potem było nieco gorzej, choć prawie zawsze zdobywał punkty. Ostatecznie na koniec sezonu uplasował się na 26 pozycji. Zakończył karierę przed sezonem 2008/09.