Jako skoczek narciarski Tommi Nikunen nie odniósł większych sukcesów. Jego największym osiągnięciem było dwukrotne 4. miejsce w Mistrzostwach Finlandii. Jeszcze jako zawodnik rozpoczął studia sportowe w Jyväskylä. Kolidowały one jednak z karierą sportową - wobec rozczarowujących wyników Nikunen zdecydował się zakończyć karierę i skoncentrować się na studiach. W 1993 r. rozpoczął pracę trenerską. W 1998 r. zaczął pracować z kadrą B kombinacji norweskiej, dwa lata później został trenerem skoków kadry narodowej w tej dyscyplinie. Mimo niedofinansowania zespół odniósł pod jego kierunkiem duże sukcesy - przede wszystkim trzy złote medale Samppy Lajunena w Salt Lake City.
Gdy Mika Kojonkoski zdecydował się na przejście do drużyny norweskiej, związek narciarski zaproponował niewiele starszemu od skoczków Nikunenowi, by zajął jego miejsce. Od początku nowy trener musiał liczyć się z silną presją - Kojonkoski zostawiał drużynę bardzo mocną. Pierwsze wyniki trochę rozczarowywały. Jednak już zwycięstwo Janne Ahonena w Turnieju Czterech Skoczni pokazało, że "biało-niebiescy" będą walczyć. Im głębiej w sezon, tym lepsze były ich wyniki - na sam koniec Matti Hautamäki ustanowił rekord świata.
W sezonie 2003/04 Nikunen dokonał tego, co nie udało się Kojonkoskiemu. Uczynił z Ahonena posiadacza Kryształowej Kuli. Z fińską kadrą rozstał się w 2008 roku i został dyrektorem wykonawczym Lahden Hiihtoseura.