Jure Bogataj do sezonu 2004/05 znajdował się w kadrze B Słowenii. Dostał szanse od głównego wtedy trenera Zupana dopiero kiedy słabsze występy zanotowali podstawowi zawodnicy. Sam dobrze skakał w konkursach CoC (m.in. wygrana w Engelbergu). We wcześniejszych latach często plasował się w czołówkach konkursów CoC m.in. podczas letniego CoC w Garmisch-Partenkirchen uplasował się na 7 miejscu, a w zimowych zawodach najlepszy występ uzyskał w Planicy 2003 (3 miejsce na skoczni normalnej).
Jure w swoim dorobku ma udane występy na Mistrzostwach Świata juniorów (14 miejsce w Solleftei) oraz w Alpen Cup, gdzie zaliczył dwie wygrane. Pierwsze punkty Pucharu Świata zdobył w Bad Mitterndorf w 2005 roku. Najlepszą pozycją Słoweńca w PŚ jest 12 lokata w Sapporo w lutym 2005. Na MŚ w Oberstdorfie indywidualnie nie błyszczał - zajął 28 miejsce, ale pomógł drużynie zdobyć brązowy medal na skoczni K-90. Zakończył karierę.